Com a crise financeira a instalar-se em diversos setores, as academias não escaparam e vivem hoje mais dependentes de fundos estatais. Uma dependência que, segundo o mais recente trabalho da European University Association (EUA), conduz a uma redução de autonomia.
As principais conclusões deste trabalho vão, segundo o jornal Público, ser apresentadas em Bruxelas, perante o Parlamento Europeu. No caso português, o relatório assinado pela rede europeia, aponta como elemento mais fraco a autonomia das instituições, em relação ao ministério da tutela. Neste relatório desenvolvido em 26 países europeus foram levados em linha de conta quatro aspetos: organizacional, financeiro, de pessoal e académico. Este ranking apresenta três patamares de classificação estando Portugal no nível intermédio na maior parte dos temas. O melhor dos parâmetros medidos nas universidades portuguesas é o da sua organização, sobretudo nas formas de eleição de reitores e na presença de elementos externos nos órgãos de decisão das entidades. Apenas no que diz respeito à autonomia académica, as instituições lusas estão no patamar mais baixo.